Koszty mediacji toczącej się na skutek skierowania przez sąd uregulowane są w Rozporządzeniu Ministra Sprawiedliwości z dnia 30 listopada 2005 roku w sprawie wysokości wynagrodzenia i podlegających zwrotowi wydatków mediatora w postępowaniu cywilnym (załącznik) oraz w ustawie o kosztach sądowych w sprawach cywilnych z dnia 28 lipca 2005 roku (załącznik), przy czym należ podkreślić, iż:
- wydatki stanowiące koszty sądowe obejmują także koszty mediacji prowadzonej na skutek skierowania przez sąd, co skutkować może zwolnieniem osób niezamożnych od płacenia kosztów mediacji,
- jeżeli postępowanie zakończyło się zawarciem ugody przed rozpoczęciem rozprawy przed sądem pierwszej instancji, sąd z urzędu zwraca stronie całą uiszczoną opłatę od pisma wszczynającego postępowanie w pierwszej instancji oraz zarzutów od nakazu zapłaty,
- jeżeli w toku postępowania sądowego zawarto ugodę przed mediatorem po rozpoczęciu rozprawy, sąd z urzędu zwraca stronie trzy czwarte uiszczonej opłaty od pisma wszczynającego postępowanie w pierwszej instancji oraz zarzutów od nakazu zapłaty,
- jeżeli postępowanie w pierwszej instancji zakończyło się zawarciem ugody sądowej po rozpoczęciu rozprawy, sąd z urzędu zwraca stronie połowę uiszczonej opłaty od pisma wszczynającego postępowanie w pierwszej instancji oraz zarzutów od nakazu zapłaty,
- sąd z urzędu zwraca stronie połowę uiszczonej opłaty od pisma wszczynającego postępowanie w drugiej instancji, w której sprawa zakończyła się zawarciem ugody sądowej.
Koszty mediacji pozasądowej określa wyłącznie umowa mediatora ze stronami. Wysokość minimalnych kosztów mediacji określa Zarządzenie Numer 1/2015 Dyrektora Ośrodka Mediacyjnego przy Izbie Notarialnej w Gdańsku z dnia 27 lutego 2015 roku (załącznik).
Sąd nie pobiera opłat od wniosku o zatwierdzenie ugody zawartej przed mediatorem w wyniku prowadzenia mediacji na podstawie umowy o mediację.